Doch auch die Arbeitnehmerinteressen müssen beim Einsatz von Zeiterfassungssystemen gewahrt werden, da dieses System außer der genauen Erfassung und Abrechnung der geleisteten (evtl. zusätzlichen) Arbeitszeit für die Beschäftigten keine weiteren Vorteile hat.
So muss der Einsatzzweck des Zeiterfassungssystems genau festgelegt werden, um eine umfassende Kontrolle unterbinden zu können. Auch die anderen Kontrollmöglichkeiten sollten eingeschränkt werden, da die Menge der durch das System erfassten Daten und die Zeitdauer ihrer Speicherung sowie die technisch durchführbaren Auswertungen über die direkte Zweckbindung des Systems nicht hinausgehen dürfen. Anzustreben wäre es, die Zweckbindung auf den Punkt “Entgeltabrechnung” zu begrenzen. Auswertungen, die darüber hinaus gehen (z. B. Krankheitsstatistiken) dürfen nur durchgeführt werden, wenn es nicht möglich ist, die Ergebnisse auf einzelne Personen oder Personengruppen zu beziehen. Weiterhin muss die Verarbeitung der Arbeitszeitdaten für die Beschäftigten komplett nachvollziehbar und verständlich bleiben. Es muss ihnen möglich sein, sich jederzeit über ihre “Zeitkonten”, die sie mit ihrer Zeiterfassungskarte „aufladen“, zu informieren sowie, eventuelle Fehler zu reklamieren. Den Arbeitnehmern muss die Zeithoheit gegeben werden, d. h., dass es Regeln bei der Nichtverwendung des Zeiterfassungssystems gibt, wenn es bspw. zu einer Dienstreise kommt oder ein Beschäftigter die Zeiterfassungskarte vergessen hat.
Datenschutzrechtlich muss der Missbrauch der anfallenden personenbezogenen Information verhindert werden, es muss also einen passwortgeschützten Zugang geben, eine Differenzierung von Zugriffsrechten getroffen werden und Löschungsfristen eingehalten werden.
Dem Betriebsrat muss die Möglichkeit gegeben sein, die Einhaltung der getroffenen Vereinbarungen bezüglich des Zeiterfassungssystems kontrollieren zu können.
Um vom Betriebsrat eine Beurteilung des Zeiterfassungssystems zu bekommen, muss der Arbeitgeber ihm folgende Fakten zur Verfügung stellen: Die Zielsetzung von Zeiterfassunskarten und Zeiterfassungssystemen muss dargestellt werden, die Beschreibungen von Systemen und Programmen, von zu erfassenden und zu verarbeitenden Daten, von möglichen und geplanten Auswertungen, von den konkreten Zwecken der Datenerfassung und Datenauswertung sowie das Datenschutzkonzept sollten dem Betriebsrat dargelegt werden.
Zeiterfassungssysteme dürfen nur mit Zustimmung des Betriebsrats und des Personalrats installiert werden.